Het Commanderij College kent twee sectoren: havo-vwo en vmbo-pro.
Elke sector wordt geleid door een directie bestaande uit een directeur en een adjunct-directeur. Zij is verantwoordelijk voor de grote beleidslijnen en voor de afstemming van het onderwijsbeleid van de teams op elkaar.
Het havo-vwo kent één locatie: havo-vwo-Gemert.
Het vmbo-pro kent drie locaties: vmbo-Gemert, vmbo-Laarbeek en
de praktijkschool-Gemert.
