Het Commanderij College kent twee sectoren: havo-vwo en vmbo-pro. 
Elke sector wordt geleid door een directie bestaande uit een directeur en een adjunct-directeur. Zij is verantwoordelijk voor de grote beleidslijnen en voor de afstemming van het onderwijsbeleid van de teams op elkaar.

Het havo-vwo kent  één locatie: havo-vwo-Gemert.

Het vmbo-pro kent drie locaties: vmbo-Gemert, vmbo-Laarbeek en 
de praktijkschool-Gemert.

Naast de twee sectoren functioneert een directeur algemene zaken.

Sectordirectie havo-vwo
Dhr. J.M.L. Schoeren                                directeur                         0478-584544
Mevr. J.P.A. Brent                                    adjunct-directeur              040-2218158

Sectordirectie vmbo-pro
Dhr. B.G. van Lieshout                             directeur                         06-54296787
Dhr. H.J.F.M. van den Broek                     adjunct-directeur             06-54292625

Directeur Algemene Zaken
Dhr. drs. F.W.J.M. van Ruitenbeek