Met de leerlingen is een aantal afspraken gemaakt. Afspraken komen in principe tot stand vanuit overleg tussen twee partijen. Zo ook bij ons. Het zijn dus geen eenzijdig opgelegde regels. Zij zijn in overleg met de leerlingenraad en de klankbordgroepen van de verschillende teams tot stand gekomen.

Er is een afsprakenlijst voor het hele Commanderij College en aanvullend is er een lokale afsprakenlijst voor het havo-vwo. Hierin zijn ook een aantal omgangsregels opgenomen waarin afspraken geformuleerd zijn over de manier waarop we met elkaar omgaan.

Op de locatie Havo-Vwo  is gestart met een pilot die als doel heeft de lesuitval zoveel mogelijk op te vangen en te werken aan de verbetering van de studie- en werkhouding van de leerlingen. Hiervoor zijn ook afspraken gemaakt.

Tenslotte is er nog een leerlingenstatuut waarin de meer practische afspraken staan omschreven, bijvoorbeeld over proefwerken.