Het Commanderij College kent drie sectoren:
1.    algemene zaken
2.    havo-vwo
3.    vmbo-pro

Elke sector wordt geleid door een directie bestaande uit een directeur en op vmbo-pro een adjunct-directeur. Zij is verantwoordelijk voor de grote beleidslijnen en voor de afstemming van het onderwijsbeleid van de teams op elkaar.

De sector algemene zaken is gehuisvest bij de locatie havo-vwo.

Het havo-vwo kent  één locatie: havo-vwo-Gemert.

Het vmbo-pro kent drie locaties: vmbo-Gemert, vmbo-Laarbeek en 
de praktijkschool-Gemert.